De elite van de kerkorganisatie was terechtgekomen in een eigen bubble, mede omdat de kerkvorsten vooral werden aangesteld uit de bastaarden die de adel had geteeld en die niet in aanmerking kwamen voor vererving van titel, gronden en wereldlijke ambten. De Salische wet verbood zulks. De adel moest deze bastaardzonen ergens laten. En vaak werden ze daarom maar op zeer jeugdige leeftijd bisschop.
Een ambt waarvan ze weinig maakten maar waarin ze verder wereldlijk weinig schade aanrichtten, omdat ze toch geen geldige adellijke dynastie konden stichten. Twee belangrijke bisschopskathedra’s in de Lage Landen – die van Utrecht en die van Luik – werden bezet door dergelijke ongeletterde nathalzen die alleen van de militaire taakstelling die aan het ambt was verbonden soms iets maakten.
Maar daarbij hielden ze vaak weer geen rekening met de legitieme dynastie waaraan ze bloedverwantschappelijk geparenteerd waren. Ze omringden zich met camarilla’s die ook tuk waren op wijntje en Treintje, zang, snarenspel en weddingschap. Ze stelden als onderhebbenden verder vooral personages aan die voor de benoeming zwaar betaalden en het ambt van vicaris, pastoor, kanunnik of prelaat zagen als bron van inkomsten. Ze cumuleerden vele aanstellingen erbij en kwamen tot een kring van clientalismo, waarbij sacramentele bedieningen zwaar belast werden.
In Trente bleek overduidelijk dat de stemgerechtigde gemijterden niets moesten hebben van de versoberingsvoorstellen die door de experts werden gedaan, de cumulatieverboden en de verplichting voor geestelijken om tenminste de Latijnse School, klein- en grootseminarie met succes te doorlopen, terwijl voor decanaten, abtsbenoemingen en vicarisposities binnen de diocesane curies ten minste een deugdelijk licentiaat in de theologie werd vereist.
Decennia lang werkten de beambten van de lagere geestelijkheid zulks evenzeer tegen, want dezen konden zelfs doorgaans noch lezen noch schrijven. Die moesten het verder ook van bijbanen hebben zoals het tapperijhouden of het uitbaten van bordelen, zoals de Rotterdamse registers van de Sint-Laurens bijvoorbeeld uitwijzen. Kortom: de ambtenarij werkte de uitvoeringsarrangementen van het Concilie ondergronds, massaal en effectief tegen. Iedereen wist het. Niemand deed wat.
En eigenlijk kon het de clercken ook niet veel schelen. Alles bij het oude houden, dat was hun plooi. Zo verliepen de eerste diocesane concilies ook in totale chaos. Van de kerkvernieuwingen, de contrareformatie kwam heel vaak niet veel terecht, tenzij de landsheren ingrepen zoals de landvoogden Isabella van Castilië en Albrecht van Oostenrijks Habsburg in België deden. Die stemden hartgrondig in met de contrareformatorische zuivering. Tot heil der Belgen. Maar het bleef uitzonderlijk. De zuidelijke Nederlanden trokken er veel profijt van. Ze herstelden economisch eerder dan Noord-Nederland.