Neen, Sonnius was helemaal niet welkom in de vestingstad Den Bosch. Hij kon daarom de cathedra bepaald niet moeiteloos bestijgen en in bezitnemen. Lodewijk Rogier beschrijft in zijn uitvoerige dissertatie over de positie van de rooms-katholieke kerk in de noordelijke Nederlanden hoeveel tegenstand het Sonnius berokkende dat hij zich volledig geassocieerd had met het Spaanse bewind sedert 1559. Tactvol was hij niet, hij vond dat hij recht had op de mijter en de plaats op het faldistorium vóór het hoogaltaar in het priesterkoor. Verder ging hij erg voortvarend tewerk bij het veiligstellen van zijn inkomsten ten laste van de kloostergemeenschappen in zijn diocese, waarbij hij zich indrong als abt of een vergelijkbare prelaat, zonder van plan te zijn de bijbehorende bediening uit te oefenen. En hij eiste nogal wat gelden. De gelovigen waren zijn onderdanen, ze moesten dokken.
En hij blééf een ongewenst bestuurder in Zuid-Oost Brabant. Zijn reputatie als inquisiteur bleef hem achtervolgen. Daar was aanleiding toe. Dat was Sonnius’ optreden tegen Engel Willemszoon de Merle, beter bekend als Angelus Merula (1482-1557). Dat veroorzaakte een vloedgolf van schimpschriften tegen Sonnius. Engel was pastoor te Heenvliet op het eiland Voorne, binnen de jurisdictiekring van de heren van Rozenburg en Putten. Engel had het zwarte garen niet uitgevonden. Dat was ook niet nodig bij een pastoor van zo’n gat.
Engel was niet erg voor heiligenverering. Verder vond hij dat de mensen te vaak op bedevaart gingen en voorts dat de kerk te veel vroeg voor de sacramentele bediening, zoals de doop, het laatste oliesel en het verlenen van de absolutie. Engel vond ook dat de kerkelijke administratie was verstard tot een systeem dat niets meer met de alledaagse werkelijkheid te maken had. Te veel afstand tussen ambtenarij en de werkvloer. De kerk leed aan falend management met te veel tussenlagen. De geestelijke beambten waren vervreemd van de burgers. Daarin stond Engel beslist niet alleen. Alleen: Engel zei het ook op de preekstoel. Openlijk, dus. Met veel getuigen.
Engel, die zelf niet echt geletterd was, ried de mensen ook de bijbel te lezen. Deze opstellingen kwamen ter ore van Sonnius te Brussel en Leuven. Sonnius was net inquisiteur geworden. Hij was nu eens in staat laaghangend fruit te oogsten. Plukbaar en onmiddellijk te verkopen. De Rozenburgers koesterden hun stuntelige pastoor die nooit een blad voor de mond nam en grappig uit de hoek kon komen zonder zich te bekommeren over de gevolgen daarvan. Engel kon nog wel eens te keer gaan tegen de beeldenverering in de kerken, vooral, omdat daarbij allerlei bijgeloof een rol kon spelen, bijvoorbeeld over de medicamenteuze kracht die het beeld zélf zou uitoefenen of een wonderputje of mirakelzalf die waren geslagen of bereid door of via de afgebeelde heilige.
Op André van Duin-achtige wijze kon Engel toornen over dit soort practijken. De heer van Heenvliet had wel aardigheid in Engel. Hij vond wel dat de man soms wat onberaden uit de hoek kon komen. Sonnius wilde een gerechtelijk vooronderzoek. Want wat Engel uitbazuinde kón geboekt worden als ketterij. En ketterij, dat was opruiïng tegen het wettig gezag en haatzaaien. Uiteindelijk, omdat Sonnius vanuit Heenvliet niets hoorde – de bevolking stond als een falanx rondom hun pastoor – kwam Sonnius zelf met een uitleveringsbevel. Vanwege het Hof van Holland.
Dat Hof had géén zin in die zaak. Maar Sonnius maakte nogal stampij en beweerde dat het Hof zélf niet zuiver op de graat was. Engel werd gelicht. In de nacht liet Sonnius Engel ontvoeren via zijn Moren. Engel kwam in de Haagse gevangenenpoort. Daar ontstond grote oproer over. De Staten van Holland hielden niet van dat soort hullaballoo. Sonnius bleef persisteren. Als dat Hof niet krachtdadig ingreep, zou hij het te Brussel aangeven. Bij de landsregering. Maar Den Haag talmde, totdat Sonnius, alweer in de nacht, Engel wilde laten wegvoeren naar Utrecht om daar de jurisdictie van de bisschop in te roepen. Dat ging door volksverzet ook weer niet door.
De man in de straat vond het weerzinwekkend dat een oude dove man, een sul eigenlijk, dagen en weken in een kale cel op de grond moest zitten wachten totdat de hoge heren eindelijk eens een beslissing namen. De zaak was belachelijk. Die Engel zei iets wat iedereen die niet mesjokke was ook vond. Uiteindelijk werd Engel naar Leuven gebracht, óók weer in het geheim en des nachts. In Leuven zat Engel maar te wachten in een gewelf in het cellenbroedersklooster, terwijl iedereen wist, dat hij dement was en de dood wachtte. En nu deze voortgezette mishandeling. Allemaal vanwege die Sonnius.
Die kreeg het te kwaad en liet Engel naar Henegouwen overbrengen: daar was men franstalig en zou men niet begrijpen wat Engel tenlastegelegd was. Uiteindelijk kreeg Sonnius een vonnis: Engel zou levend verbrand worden. Door Sonnius’ Moren. Want die waren islamiet en mochten zich vergrijpen aan een christenlichaam. Voordat de beulsknechten de pektakken konden aansteken, kreeg Engel een hartverlamming. Toch werd zijn lijk verbrand. Het was immers een prestigekwestie geworden. Allemaal door Sonnius.