Nu had Botti een superieur die voor de duivel niet bang was: Antonius van Alphen. Die kwam uit Boxtel, waar hij op 16 mei 1748 was geboren. Hij zou in 1831 te Schijndel sterven. Hij zou zijn ambten tot zijn 82e levensjaar actief blijven waarnemen. Hij kende Botti als mede-student in Leuven. Ook hij haalde een licentiaat in de godgeleerdheid, maar hij had zich vooral toegelegd op het canonieke recht, waarin Leuven een vermaarde faculteit had, toen en nu. Hij had de Brabantse omwenteling van nabij meegemaakt, al had hij geen actieve bijdrage geleverd. Hij was aan de kant gaan staan van de groep die de kerkelijke privileges intact wilde laten en zelfs weer uitbreiden, vooral op het stuk van het maatschappelijk hulpbetoon. Hij vond dat de kerk daarin moest blijven voorzien: de staat diende hier geen zorgplicht te claimen, zoals de op Frankrijk gerichte revolutionairen wilden.
Die wilden een machtige nationale staat die het burgerlijk leven in alle facetten zou omvatten. Maar Van Alphen was pragmatisch gebleven. Tegen Oostenrijk kon de kerk niet op. Maar ook niet tegen Frankrijk. Hij wist dat de Roomse kerk in de Republiek nog altijd gedoogd werd: officieel was er geen gegarandeerde godsdienstvrijheid. Die kerk was gereduceerd tot een missie-kerk, een organisatie die steeds weer overheidsingrijpen te duchten had in haar organisatie, haar bestuur en uitoefeningen der erediensten. Ze viel dan ook onder het missie-departement te Rome, het dicasterium de propaganda fide. Feitelijk moest een priester zich schikken naar de aanwijzingen van de internuntius te Keulen. Soms was de nuntius te Brussel aan zet, maar echt stabiel was de toestand in Belgenland niet meer sedert 1713.
Van Alphen werd kapelaan in 1777 te Boxtel bij de uitgestrekte parochie van de indrukwekkende basiliek. Daar, waar het wonder van het Heilig Bloed zich had voltrokken dat zovele bedevaarten bleef trekken. Hij wist dus dat hij moest plooien en schikken met de protestantse ambtenarij die lastig kon zijn. Hij trad prudent maar vastberaden op. Hij trok de aandacht van De Propaganda, die in deze periode na 1713 veel te stellen had met priesterlijke heethoofden in dit missiegebied. Hij werd aangesteld als co-adjutor van de Apostolisch Vicaris Andreas Aerts, die ook moest manoeuvreren tussen de politieke partijen, die uiterst conservatief en ultra-progressief heetten: Patriotten – vooruitstrevenden — en Orangisten of Oranjeklanten, de behoudenden die niet veel ophadden met grondrechten. Van Alphen werd inmiddels ook pastoor te Schijndel, waar hij bleef resideren. De Franse revolutie barstte los. Op 13 augustus 1790 volgde Van Alphen Aerts, die inmiddels was komen te overlijden, op. Van Alphen ging nu zijn pastoors circulaires zenden, want hij zag in dat die revolte niet bij de landsgrenzen zou ophouden. De pastoors kregen tot opdracht zich niet met de actuele staatkunde in te laten, omdat in Holland de machtsverhoudingen gedestabiliseerd waren. Pruisen was in 1787 binnengevallen om de Stadhouder Willem V militair te steunen tegen de opstandige patriotten die zich kapot geschrokken waren.
Er lagen bezettingen hier en daar door den lande. Pruisen was oppermachtig, de Hollanders waren eigenlijk hun interne soevereiniteit kwijt omdat Willem geen enkele leiding wist te geven. In deze situatie moest de kerk zich op de achtergrond houden. Dat zou lastig zijn, want veel jonge herrieschoppers eisten volkomen vrijheid van godsdienst. Zij wilden ook, mede daarom, vrijheid van vereniging, vergadering en drukpers. Ze wilden verder aansluiting bij revolutionair Frankrijk, dat helemaal niet zo sterk was. De pastoors moesten deze jeugdige raddraaiers verre houden. Op het eerste gezicht leek hun positiekeuze voor de kerk gunstig. Want ze vonden dat de katholieken hun godsdienst vrij en openlijk moesten kunnen belijden. En dat de staat buiten hun organisaties en erediensten moesten blijven. Ook buiten het kloosterwezen.
En dat de van staatswege weggenomen kerken die tussen 1650-1670 waren toegedeeld aan de protestanten aan de lokale meerderheid gelovigen teruggegeven moesten worden. In het rechtsgebied van Van Alphen waren dat altijd roomsen. Dus: in Strijp zou het kerkje aan het Strijpse zandpad terug gegeven moeten worden aan de Strijpers die daar van oudsher hun woonst hadden. Dat zou Botti misschien goed uitkomen. Op korte termijn. Maar, zo rekende Van Alphen voor, die Franse revolutie zou niet duren. Dat werd daar in Parijs niks. Dat werden bloedbaden, waarbij de priesters en gelovigen het loodje gingen leggen. Dan zou er een soort terreur gaan ontstaan. En dan raakte de kerk in het volledige slop. Dus: pastoors moesten deze revolutionairen negeren, hoe moeilijk het ook zou zijn. Dat zou een lenigheid van geest vergen die veel van zijn pastoors niet hadden, dat wist Van Alphen ook.