Nadat wat zwakkere plekken in de strafvervolgingstrajecten waren gedicht kwamen de procedures onder een voortvarend Openbaar Ministerie ook landelijk goed op gang, centraal aangestuurd door een Procureur-Generaal voor milieuzaken. Deze magistraat was mevrouw Winnie Sorgdrager, die het ressort Arnhem destijds beheerde en nationaal coördinerend vaart zette achter de toepassing van bestuurlijke dwangmaatregelen waarbij alle bedrijfsactiviteiten op de boerderijen opgeschort of geschorst konden worden hangende de staat van rechtsaanhangigheid van de hoofdzaak. Dat betekende feitelijk dat de bedrijven volledig lam gelegd konden worden niettegenstaande de aanwending van hogere voorzieningen tegen een veroordeling in eerste aanleg.
Centraal stond daarbij officieel de implementatie van de steeds weer herziene Nitraatrichtlijn die tot doel heeft het verminderen en voorkomen van waterverontreiniging door nitraten uit agrarische bronnen. Dat was de doelstelling. En die was dus aanmerkelijk ruimer dan die bij de Interimwet was opgegeven. Iedere waterverontreiniging was onderwerp van de richtlijn, niet alleen het grondwater of het oppervlaktewater en de term “nitraten” was ook veel ruimer dan de oorspronkelijke fosfaten en stikstoffen die bij de landbouwtellingen waren aanvaard. Verder ging de richtlijn uit van een forfaitaire fixatie van de nitraatstoffen bij bepaalde diereenheden: varkens, melkvee en pluimvogels. Brussel stelde verder een gefaseerde ophoging van deze forfaitaire nitraatuitstoot in het vooruitzicht.
Brussel schreef niet voor, dat het nitraatuitstootverbod strafrechtelijk moest worden gehandhaafd. Dat liet het aan de lidstaten over. Bestuurlijke aanpak kon ook. Nederland koos echter, omdat de Interimwet dat nu eenmaal had gedaan, voor de weg van de strafrechtelijke handhaving, nog steeds aansluitend bij het arsenaal dat ook de WED kende. Het had ook anders gekund, zeker, maar deze beslissing was nu eenmaal genomen, de AID was aldus ook geïnstrueerd en opgeleid, het zou weer omvangrijke vertraging opleveren als men toch exclusief zou gaan handhaven via bestuurlijke reacties. Het was een kwestie van efficiëntie. Aldus de toelichtingen. Maar was dat ook echt wel zo? Het strafrecht, mits te dezen serieus genomen, had toch óók belangrijke principiële remmingsmechanismen in het handhavingstraject. Want de boer die aantoonbaar fosfaatarm wist te voeren was in staat de nitraatuitstoot aanmerkelijk te reduceren, maar hij kreeg geen reductie in het strafvorderlijk traject omdat de forfaitaire – dus fictieve – nitraatuitstoot per eenheid vaststond. Dat gaf de richtlijn op.
Maar was dat eigenlijk wel te rijmen met de onschuldpresumptie dat iedereen geacht werd onschuldig te zijn aan de verweten gedraging totdat het tegendeel bewezen was? Kijk: als het waar was dat het het kabinet ging om het tegengaan van nitraatuitstoot binnen de territoriaal bepaalde ecologie van Nederland, dan was het strafrechtelijk schuldverwijt toch gecentreerd rond die uitstoot van die stof? Maar wanneer men dan de fictie hanteerde dat een kip een bepaalde nitraatstoot per jaar veroorzaakte dan was er toch een sprake van een daderschapsvermoeden ten laste van de kippenboer te Someren die massaal kippenstront uitbracht? Die boer had er dan toch niks aan dat hij fosfaatarm voerde? En wáárop steunde die fictie dan eigenlijk in de Meststoffenwet zelf? Waar stond deze omkering van de bewijslast wettelijk uitdrukkelijk gedefinieerd? En als ze ergens ondergeschoven was, niet traceerbaar op het eerste gezicht, was die wet dan niet in flagrante strijd met artikel 6 van het Europese Verdrag betreffende de Mensenrechten? Dat kende toch de onschuldpresumptie als dwingende waarborgnorm?
Was die wet op dit punt dan eigenlijk niet generiek ontoepasselijk op basis van onze eigenste Grondwet via de artikelen 93-94? Stond in artikel 94 niet uitdrukkelijk een voorrangsregeling tussen grondrechtsverdragen enerzijds en nationale wetten anderzijds? Werd de toepasser van zo’n wet daarin niet geïnstrueerd die nationale wet niet toe te passen? Of was de Meststoffenwet soms geen “wettelijk voorschrift” in de zin van dat artikel 94? Maar waarop grondde men dat? Deze verweren werden in de Brabanthallen wel degelijk gevoerd. Maar een reactie van Openbaar Ministerie en rechter waarin ze overtuigend werden terzijde gesteld met toereikende motiveringen via de rechtsgeschiedenis van wet, grondwet en verdrag bleef uit. En niet alleen onder dit paradigma werden de boeren met een kluitje in het riet gestuurd.
Vooral de hantering van het strafvorderlijk opportuniteitsprincipe ingevolge artikel 167 van het Wetboek van Strafvordering bleef kwestieus: het vervolgingsbeleid was niet voorspelbaar en echte handvaste criteria waren in de richtlijnen voor de Officier van Justitie niet te onderkennen. Was eigenlijk verheimelijkt doel niet van deze inzet van het strafrecht om de grondpolitiek in het overbevolkte Nederland geheel te herijken? Om de agrarische grond te re-alloceren ten behoeve van luxe woningbouwgebieden met daartussen in op golfbanen lijkende Engelse landbouwparken? Berlijn aan de Noordzee, zoals een prominent D66-er zich later per ongeluk liet ontvallen? Met ontoereikende schadeloosstellingen voor de ontrechte boeren? Deze verdenking begon in deze jaren bij de doelgroep te ontstaan.